福建水投集團有權屬二級企業38家，其中全資企業12家，控股企業16家，參股企業2家，PPP項目公司8家。

       ——全資子公司（12家）
       福建省供水有限公司：前身是福建省供水公司，成立于1992年。現有廈門舫山供水公司、南安水頭供水公司、明溪珩城供水公司、泉州洛江馬甲供水公司、泉州金源供水公司、福建民生供水公司、福建恒泉供水公司、閩侯溪兜供水公司、福建晉金供水公司、溪源水庫二期供水、福建省水利投資開發集團福鼎水務有限公司等11家聯營公司，日供水能力達57.3萬噸。

       福建省閩電投資開發有限公司：成立于2015年3月，主要從事水力發電及其他能源發電生産和供應業的投資，現有投資項目19個，總裝機容量330520千瓦時。

       福建省水利水電工程局有限公司：前身為福建省水利水電工程局，始建于1957年8月，現有職工1468人，擁有各類專業技術人員600多人（其中高、中級專業技術人員300多人，一、二級建造師256人）。公司擁有各類資質14項，包括水利水電工程施工總承包一級、市政公用工程施工總承包一級；土石方工程、機械設備安裝工程專業承包一級；房屋建築工程、機電安裝工程總承包二級；裝修工程、地基與基礎工程、鋼結構工程專業承包二級；公路、電力、礦山工程總承包三級等。公司承建的我國第一座碾壓混凝土壩（大田坑口水庫大壩）榮獲“國家科技進步一等獎”；承建的華安水電站榮獲水利部“優質工程獎”；承建的泉州金雞水閘重建工程榮獲2012年度水利部“大禹獎”。公司入選2014、2015年度福建省建築業龍頭企業名錄。通過ISO9001、OHSAS18001及ISO14001三體系認證。

      福建省水利水電建設有限公司：擁有水利工程施工監理甲級、水利水電工程施工總承包一級、市政公用工程施工總承包三級、水利行業設計丙級、水土保持工程施工監理丙級等資質。全國水利建設市場主體信用評價施工類、監理類AAA級單位。

      福建省水利水電物質供應有限公司：擁有工程招标代理甲級、中央投資項目招标代理乙級、政府采購招标代理資格。

      福建省圍墾建設工程有限公司：擁有水利水電工程施工總承包二級、地基及基礎處理專業承包三級等資質，承擔江河大流域水葫蘆整治和保潔、汛期搶險救護等任務。

      福建省利水工程管理有限公司：擁有水利工程施工監理甲級、水土保持工程施工監理丙級等資質。2012年負責監理的泉州金雞水閘重建工程獲水利部“大禹獎”。

       福建省宏禹水利水電咨詢設計院有限公司：擁有水庫樞紐、河道整治、灌溉排澇、水資源論證乙級設計資質；城市防洪、圍墾丙級設計資質。公司“高邊坡複雜地質條件下土層錨杆應用技術”獲2014年度福建省水利科學技術三等獎。

       福建省水保生态建設有限公司：為貫徹落實《省政府關于推進水土流失治理企業化運作實施方案》，集團公司獨資成立水保生态建設公司，負責實施我省水土流失治理企業化運作。

       福建省水利投資集團廈門水業有限公司：負責龍海市北溪供水開發有限公司、龍海市角美開發區供水水廠以及九龍江北溪管理局等經營性資産的經營管理。

       福建省水利投資集團泉州水務有限公司：負責實施洛陽江流域洛江區河市段河道整治工程（PPP模式）。

       福建省防汛物資倉儲有限公司：負責中央防汛抗旱物資倉儲管理。

       ——控股子公司（16家）

       福建省水利投資集團（霍口）水務有限公司

       福建省水利投資集團（東山）水務有限公司

       福建省水利投資集團（角美）水務有限公司

       福建省水利投資集團（沙縣）水務有限公司

       福建省水利投資集團（大田）水務有限公司

       福建省水利投資集團（閩清）水務有限公司

       福建省水利投資集團（壽甯）水務有限公司

       福建省水利投資集團（龍雁）水務有限公司

       福建省水利投資集團（明溪）水務有限公司

       福建省水利投資集團（甯化）水務有限公司

       福建省水利投資集團（柘榮）水務有限公司

       福建省水利投資集團（長汀）水務有限公司

       福建省水利投資集團（尤溪）水務有限公司

       福建省水利投資集團（平潭）水務有限公司

       福建省水利投資集團泉州洛江水務有限責任公司

       福建省水利投資開發集團福鼎水務有限公司（省供水公司控股）

       ——參股子公司（2家）

       漳州市古雷水務發展有限公司

       福州水務平潭引水開發有限公司

       ——PPP項目公司（8家）

       福建水投集團東山龍潭引調水有限公司

       福建水投集團洛陽江流域治理有限公司（福建省水利投資集團泉州水務有限公司控股）

       福建水投集團壩頭溪流域整治項目管理有限公司
       福建水投集團連城縣福地水庫建設管理有限公司

       福建水投集團浦城縣水美城市項目管理有限公司
       福建水投集團松溪縣水美城市建設管理有限公司
       福建水投集團建瓯市水美城市項目管理有限公司
       福建水投集團邵武市水美城市項目管理有限公司

       福建水投集團東山縣原水管理有限公司